هرچند غلظتهای بالای هر ماده آلی، با ساختمان شیمیائی R-CH2OH می‏تواند برای باکتریها کشنده بوده و موجب نابودی آنها گردد. ولی باید توجه داشت که هر نوع الکل در غلظت خاصی از حداکثر فعالیت خود برخوردار می‏باشد. مثلا، اتیل و ایزوپروپیل الکل که معمولا استفاده می‏گردند، در غلظت 70% محلول آبی از حداکثر توان باکترکشی خود، برخوردار هستند در صورتی که الکلهای متیلیک و پروپیلیک در غلظت 100% نهایت اثر سمی خود را آشکار می‏سازند. هر چند مکانیسم اثر الکلها به هم ریختن شکل فضایی (دناتوره کردن) پروتئین سلولها منجمله باکتریهاست ولی این اثر نیاز به زمانی حدود حداقل 2 دقیقه دارد پس دقت شود با کشیدن پنبه الکل به مدت مناسب و فشار کافی (ولی نه زیاد) حتی المقدور از تعداد باکتریهای سطح پوست کم شود. الکل قادر به از بین بردن اکثر ویروسها نمی‏باشد ولی از آنجایی که ویروسها زندگی انگلی اجباری دارند بصورت نرمال در روی پوست بدن وجود نداشته و از این بابت خطری بیمار را تهدید نمی‏کند.